Implicitement rattachée en même temps qu’Europa et Bassa da India à l’Empire colonial français par la loi du 6 août 1896, c’est un acte du 31 octobre 1897 qui officialise la souveraineté de la France sur Juan de Nova, après la mise en place du pavillon.
  Juan de Nova fit partie des dépendances de Madagascar et successivement rattachée administrativement à la province de Tananarive (21 novembre 1921), puis au district de Maintirano (14 mars 1930) et à celui de Nossy-Be ( 16 juin 1932).
  Le phosphate a été exploité à partir du guano dès la fin du 19ème siècle par des seychellois et en 1923, on estimait que cinquante trois mille tonnes de phosphate avaient été exportées depuis le début.  L’exploitation par les Seychellois pris fin durant la dernière guerre mondiale, en 1940-1941.

   Juan de Nova fut reconnue par le Capitaine du même nom dès 1501, mais fut longtemps délaissée en raison de son exiguïté, ne servant guère que de refuge aux pirates.
   L’histoire rapporte la révolte ayant éclaté en 1870, alors qu’un bateau français y était mouillé dans le but de ramener à Port-Louis de l’huile de poisson.